Κορωνοϊός Μετάλλαξη: Η αλληλουχία του γονιδιώματος στο μικροσκόπιο

Για τον προσδιορισμό αλληλουχίας γονιδιώματος, ένα δείγμα επιχρίσματος που συλλέγεται μέσω RT-PCR χρησιμοποιείται για την ενίσχυση του ιού για να προσδιορίσει εάν είναι διαφορετικός από αυτούς που είχαν εντοπιστεί προηγουμένως. Η γονιδιωματική επιτήρηση είναι εντατική σε πόρους καθώς κοστίζει περίπου 8.000-10.000 Rs για να ακολουθήσει ένα δείγμα. Εκτός αυτού, χρειάζονται περίπου 24 ώρες για ένα αποτέλεσμα, ενώ η ανάλυση ή η σύγκριση με άλλα στελέχη για την κατανόηση της αλλαγής και του αντίκτυπου διαρκεί έως και δύο ημέρες.

«Είναι σαν τη δυαδική γλώσσα του υπολογιστή όπου στην πραγματικότητα υπάρχουν μόνο 0 και 1 και ανάλογα με τον τρόπο κωδικοποίησής τους, μπορούν να διαβαστούν. Ομοίως, στην αλληλουχία γονιδιώματος, η σειρά ή η ακολουθία των As, Cs, Gs και Ts που αποτελούν το DNA ενός οργανισμού διαβάζεται για να ερμηνεύσει ολόκληρο το γονιδίωμα ενός ιού», δήλωσε ο πρώην επικεφαλής επιδημιολόγος του ICMR Δρ Raman Gangakhedkar.

«Πρέπει να εντοπίσουμε και τις 17 μεταλλάξεις για να επιβεβαιώσουμε το στέλεχος του ΗΒ. Για αυτό, πρέπει να χαρτογραφήσουμε ολόκληρο το γονιδίωμα του ιού και όχι μόνο το γονίδιο spike. Η παραλλαγή του Ηνωμένου Βασιλείου έχει πολλαπλές μεταλλάξεις σε διαφορετικά γονίδια », δήλωσε η επιστήμονας Varsha Potdar, επικεφαλής του Εθνικού Κέντρου Γρίπης (NIC) στο Ινδικό Συμβούλιο Ιατρικής Έρευνας – Εθνικό Ινστιτούτο Ιολογίας (ICMR-NIV). Εάν εντοπιστούν ανισότητες, χρησιμοποιείται η ανάλυση δεδομένων για τον προσδιορισμό των αλλαγών και των επιπτώσεών τους.

Η Ινδία έχει ορίσει 10 περιφερειακά εργαστήρια προσδιορισμού αλληλουχίας γονιδιώματος για να εξετάσει το 5% των θετικών δειγμάτων για προσδιορισμό αλληλουχίας γονιδιώματος που βοηθά στην αξιολόγηση της εξάπλωσης του ιού με γρήγορο και ισχυρό τρόπο. Ακόμη και πριν ανακαλυφθεί το στέλεχος του Ηνωμένου Βασιλείου, η Ινδία ακολουθούσε τα γονιδιωματικά δεδομένα για να κατανοήσει πλήρως την εξάπλωση και την εξέλιξη του ιού SARS CoV-2 και για να αντιμετωπίσει τη μελλοντική εξάπλωσή του.

Η μελέτη των συσσωρευμένων μεταλλάξεων στα ιικά γονιδιώματα επιτρέπει τη σύγκριση δειγμάτων ιών και ιογενών σειρών, προκειμένου να κατανοηθεί εάν οι τοπικές εστίες προκαλούνται από τη μετάδοση μονών ή πολλαπλών ιογενών σειρών, ανέφεραν ειδικοί. Για παράδειγμα, η αλληλουχία γονιδιώματος των δειγμάτων κατά τους πρώτους μήνες της επιδημίας έδειξε ότι υπήρχαν ιοί από διαφορετικές χώρες λόγω της παγκόσμιας κινητικότητας που δεν επέτρεπε καμία γενεαλογία, δήλωσε ο Δρ Gangakhedkar.

ΠΗΓΗ

ΑΦΗΣΤΕ ΜΙΑ ΑΠΑΝΤΗΣΗ

Please enter your comment!
Please enter your name here