Μπορεί η χώρα μας να μην διαθέτει ακόμα δίκτυο υδατοδρομίων, μπορεί τα υδροπλάνα να μην άνοιξαν ακόμα τα φτερά τους, ωστόσο η κυβέρνηση, έχει ήδη θεσμοθετημένα τα τέλη λειτουργίας των υδατοδρομίων.
Με μία τουλάχιστον άκαιρη Κοινή Υπουργική Απόφαση, που συνεπέγραψαν ο Υπουργός Υποδομών και Μεταφορών, Κώστας Καραμανλής, ο Υπουργός Ναυτιλίας και Νησιωτικής Πολιτικής, Γιάννης Πλακιωτάκης, ο Υφυπουργός Οικονομικών, Θεόδωρος Σκυλακάκης και ο Υφυπουργός Υποδομών και Μεταφορών, Γιάννης Κεφαλογιάννης, ορίζονται το ύψος των τελών υδατοδρομίου και οι εξαιρέσεις καταβολής του υπέρ της εξυπηρέτησης της νησιωτικής Ελλάδας.
Σύμφωνα με την ΚΥΑ (ΦΕΚ Β΄ 3217- 3/8/20) για κάθε επιβάτη που αναχωρεί από υδατοδρόμιο, η εταιρεία αεροσκαφών, η οποία πραγματοποιεί τις πτήσεις, καταβάλλει τέλος υπέρ του Ελληνικού Δημοσίου, ποσού ύψους πέντε ευρώ ανά επιβάτη, πλέον του αναλογούντος τέλους χαρτοσήμου. Το τέλος αυτό επιβάλλεται στα εισιτήρια των επιβατών και εισπράττεται με ευθύνη αυτών που εκδίδουν τα εισιτήρια, είτε πρόκειται για αεροπορικές εταιρίες είτε για τα συνεργαζόμενα με αυτές τουριστικά ή ναυτικά πρακτορεία και συναφείς επιχειρήσεις.
Από την επιβολή του τέλους απαλλάσσονται παιδιά έως πέντε ετών, επιβάτες, οι οποίοι είναι μόνιμοι κάτοικοι των νησιών Σάμου, Λέσβου, Κω, Χίου και Λέρου, για δρομολόγια από και προς τους συγκεκριμένους προορισμούς, επιβάτες, μόνιμοι κάτοικοι των νησιών με μόνιμο πληθυσμό λιγότερο των δύο χιλιάδων (2.000) κατοίκων. Επίσης ασθενείς και οι συνοδοί τους, των οποίων η μεταφορά πραγματοποιήθηκε από το Ε.Κ.Α.Β., τις Ένοπλες Δυνάμεις ή νόμιμα αδειοδοτημένους φορείς αεροδιακομιδής στο πλαίσιο διενέργειας εκτάκτων πτήσεων και επιβάτες που αναχωρούν με αεροσκάφος από υδατοδρόμιο λόγω έκτακτης ανάγκης, βλάβης ή/και κακών καιρικών συνθηκών από άλλο από το προγραμματισμένο υδατοδρόμιο.